25 millions d'euros, un partenariat inédit entre l'État,  l'Agence Française de Développement et l'Imamat Ismaélien. La signature du premier protocole d'accord pour la protection du lagon de Mayotte concrétise une déclaration d'intention signée à l'Élysée le 11 juillet 2025, dans le sillage du cyclone Chido.

Le ministère des Outre-mer, l'Agence Française de Développement (AFD) et l'Imamat Ismaélien représenté par Shamir Samdjee, représentant officiel en France de l’Aga Khan, Matt Reed, directeur de la Fondation Aga Khan, et en présence du Prince Aly Muhammad Aga Khan, frère de l'Aga Khan ont officialisé leur coopération pour la reconstruction et la protection environnementale de Mayotte, avec la signature d'un premier protocole d'accord.

L'initiative prend racine dans le passage du cyclone Chido fin 2024, qui avait suscité une manifestation de solidarité immédiate de l'Aga Khan IV envers Mayotte. Le 11 juillet 2025, une déclaration d'intention était signée à l'Élysée. Ce protocole en est la traduction opérationnelle. A l'issue de cette signature de protocole, la ministre des Outre-mer Naïma Moutchou a souligné une « action commune». « C'est une action complémentaire à celle de l'Etat. L'Etat mène des opérations de reconstruction, notamment sur le littoral, notamment pour protéger le lagon. la Fondation, a proposé de participer. C'est donc une forme de complémentarité avec la Fondation que nous allons mener ces opérations de protection du littoral, de lutte contre l'érosion côtière, de protection des mangroves.», a précisé la ministre Naima Moutchou qui a décrit « un partenariat très précieux qui permet d'agir concrètement pour les Mahorais.»

25 millions d'euros pour le lagon, les mangroves et la pêche

Le premier volet de l'accord mobilise 25 millions d'euros de la Fondation Aga Khan, dont 8,5 millions d'euros décaissés dans un premier temps. Les projets lancés immédiatement ciblent la protection du lagon et la régénération des mangroves, le renforcement de la qualité des eaux littorales, le développement durable de la filière pêche, et l'adaptation des pratiques agroécologiques pour lutter contre l'érosion côtière. Une deuxième enveloppe de 25 millions d'euros supplémentaires sera orientée vers d'autres projets concernant la gestion des déchets, accès à l'assainissement, protection d'aires terrestres à fort enjeu après arbitrage d'un comité stratégique prévu dans les prochains mois.

L'AFD, opérateur pivot de ce protocole

L'Agence Française de Développement joue un rôle central dans le dispositif : elle pilote la mise en œuvre, débloque les fonds de la Fondation Aga Khan et décide des projets à conduire en lien avec elle. L'AFD s'appuie sur plus de vingt ans de collaboration avec la Fondation dans des domaines variés et sur son expérience d'opérateur historique dans les collectivités françaises d'outre-mer. « Il était assez naturel, sous l'autorité de la ministre, de pouvoir en quelque sorte associer deux expériences, celles que nous avons avec la Fondation Aga Khan dans pas mal de géographies et sur des thématiques qui sont justement la santé, la protection de la biodiversité, l'agroécologie, tout ce qu'on retrouve dans ce projet-là, et puis ce qu'on connaît, nous, de Mayotte», indique le directeur général de l'Agence française de développement (AFD), Christophe Lecourtier.

Le partenariat vise explicitement un rayonnement régional. L'expérience accumulée à Mayotte est pensée comme un modèle exportable vers les îles voisines (Comores, Madagascar, Maurice) dans le cadre de la stratégie de l'AFD de renforcer les coopérations entre collectivités françaises et pays environnants de l'océan Indien.  «Notre stratégie à nous, c'est évidemment de faire en sorte que les collectivités françaises puissent, d'une certaine manière, parler, dialoguer, y compris en termes de projets, avec les pays qui les entourent. Nous sommes parfaitement au cœur de notre stratégie avec un enjeu aujourd'hui, pour l'aide au développement qui est de pouvoir trouver beaucoup de sources de financement et de les associer pour monter des projets.»

L'accord s'inscrit également dans l'objectif de faire reconnaître le lagon de Mayotte comme patrimoine mondial de l'UNESCO, l'une des perspectives portées par les deux parties.