De nombreux variants du Covid-19 circulent dans l’Hexagone et les Outre-mer et de nouveaux, porteurs de mutations, sont régulièrement identifiés. Que sait-on de leur nature, comment circulent-ils et comment les caractériser ? Eléments de réponses avec Santé publique France, l’agence nationale de santé publique sous tutelle du ministère chargé de la Santé.

Dans leur grande majorité, les virus se caractérisent par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. D’après Santé publique France, « elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l’émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu ». On sait dorénavant que plusieurs de ces variants ont un impact sur la santé publique du fait de l’augmentation de leur transmissibilité, de la gravité de l’infection ou encore de la chute immunitaire. Depuis fin 2020, ils sont apparus dans des zones géographiques distinctes, dont plusieurs territoires d’Outre-mer.

Le classement des variants

Mais leur présence est sous surveillance. Dans l’Hexagone et les régions ultramarines, Santé publique France et le Centre National de Référence des virus des infections respiratoires réalisent conjointement, sur une base hebdomadaire, une analyse de risque sur les différents variants identifiés en France et à l’international du SARS-CoV-2, sur la base des informations disponibles au niveau mondial sur leur diffusion. Cette analyse de risque a abouti au classement des variants évalués en trois catégories :

Les variant préoccupants, ou VOC (« variant of concern » en anglais), variants pour lesquel il a été démontré entre autres une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie du Covid-19, ainsi qu’une une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique. Les variant à suivre, ou VOI (« variant under investigation » ou « variant of interest ») : variants notamment responsables d’une transmission communautaire ou de multiples cas confirmés et de foyers, ou détectés dans de multiples pays. Enfin les variants en cours d’évaluation ou VUM (« variant under monitoring »), qui se caractérisent par l’absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique en France, malgré la présence de mutations partagées chez un ou plusieurs variants à suivre.

Les variant préoccupants (VOC) concernent la majorité des départements et régions d’Outre-mer. En Martinique, selon le point épidémiologique régional du 9 avril de Santé publique France, « le variant anglais circule de manière active dans la population et une circulation à bas bruit des variants Brésil/ Afrique du Sud ainsi que Nigéria/US est constatée ». A la même date, en Guadeloupe, l’organisme signale que « le variant anglais (20I/50Y.V1) circule de manière active sur l’archipel (> 90 % des RT-PCR criblées) ». Pour la Guyane, Santé publique France précise dans son bulletin du 8 avril que « depuis le début de la surveillance, les analyses et investigations épidémiologiques ont permis de détecter : 57 cas de variant 20I/501Y.V1 (Royaume-Uni), dont 40 sur l´Ile de Cayenne et 11 à Kourou ; 200 cas de variant 20J/501Y.V3 (Brésil), dont 182 sur l´Ile de Cayenne. La semaine dernière, le variant 20J/501Y.V3 (Brésil) représentait 76% des prélèvements criblés et/ou séquencés et le variant 20I/501Y.V1 (Royaume-Uni) 11%. »

A La Réunion, le variant sud-africain est prédominant sur le territoire : « Parmi les échantillons criblés, 331 (58%) correspondaient à une suspicion de variants : 320 suspicions du variant 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou du variant 20J/501Y.V3 (brésilien) (soit 57,5%) et 77 suspicions du variant 20I/501Y.V1 (britannique) (soit 14%) (données de Santé publique France du 8 avril, ndlr) ». De même, selon le même organisme « Mayotte fait face depuis le début de l’année 2021 à une nouvelle vague épidémique, en lien avec la diffusion rapide du variant 20H/501Y.V2 dit variant sud-africain. Au total, depuis le 1er janvier 2021, 13 571 nouveaux cas de COVID-19 ont été détectés sur le territoire ».

Cartographie de l’incidence des variants dans l’Hexagone et dans les DROM

Au niveau des variants à suivre (VOI, il y en a huit en tout), un seul, le variant P.2, qui a émergé au Brésil dès avril 2020, concerne principalement la Guyane, où 72 cas ont été détectés (contre 22 dans l’Hexagone). « Ce variant a diffusé progressivement dans la population pour devenir prédominant parmi l’ensemble des prélèvements séquencés fin février (13/18 prélèvements pour les semaines 07 et 08-2021). Toutefois, la détection de ce variant diminue depuis le mois de mars (1/18 prélèvements en semaine 12) », souligne Santé publique France.

Enfin, cinq variants figurent actuellement dans la liste des variants en cours d’évaluation (VUM), dont deux ont été détectés en Guadeloupe : le variant B.1.526.1, qui serait associé à « une augmentation de l’infectivité » et « peut avoir un rôle d’échappement immunitaire », et le variant B.1.617, répéré pour la première fois en Inde. Ce dernier pourrait être associé « à un impact significatif en termes d’échappement immunitaire (post-infection et post-vaccinal), bien que cela ne soit pas encore formellement démontré à ce stade », note l’agence de santé publique.

PM