Le laboratoire de l'UMR Animal, santé, territoires, risques et écosystèmes (ASTRE) de Duclos en Guadeloupe a récemment acquis un nouvel équipement de séquençage d'ADN hautement performant. Grâce à un financement Interreg Caraïbe dans le cadre du projet Approche Une Santé pour réduire les risques sanitaires dans les Caraïbes (AUSCAR), le laboratoire a pu se doter d'une nouvelle génération d'équipement pour la détection de pathogènes indique le Cirad.
Le Biomark X9, tel est le nom du nouvel équipement reçu au laboratoire de l’UMR ASTRE, séquençeur d'ADN qui permet de réaliser des réaction de polymérisation en chaîne (PCR) en temps réel, à haut débit et en point final, pour détecter des pathogènes de manière beaucoup plus performante que les systèmes PCR conventionnels. Cette technologie miniaturisée réalise des milliers de réactions dans des volumes très petits, de l'ordre du nanolitre, sur un dispositif classique, de la taille d'une plaque à 96 puits conventionnelle, en un temps record.
Elle améliore également la sensibilité pour le très haut débit, utile pour le génotypage, la caractérisation de l'expression génétique, la détection des variations du nombre de copies et les essais de présence/absence du génome.
En somme, ce système complexe miniaturisé élimine de nombreuses étapes de pipetages individuelles, présente un faible risque de contamination et aboutit à des résultats d'une grande fiabilité.
Avec cet équipement, il est possible de rechercher tous les pathogènes éventuellement présents dans les tiques ou dans les moustiques, sur un grand nombre d'échantillons. D'autres applications pourront être développées comme le typage génétique, ou l'expression de certains gènes, à haut débit et de manière très fiable.
Pour le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD), cet équipement va permettre de réviser largement à la hausse la capacité de surveillance et de contrôle des maladies animales, végétales et humaines en Guadeloupe et dans la Caraïbe.
Damien CHAILLOT
