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C’est le constat qu’a dressé l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). L’institution a même inscrit les mangroves de Mayotte sur  sa nouvelle « liste rouge des écosystèmes ».

Fort du succès des Listes rouges d’espèces menacées, largement utilisées pour mieux connaître l’état de la biodiversité et impulser des actions en matière de conservation de la nature, l’UICN a lancé en 2008 un outil équivalent pour les écosystèmes. Les mangroves  de Mayotte sont ainsi  les premiers écosystèmes « en danger » à figurer sur cette nouvelle liste.
L’UICN a constaté plusieurs menaces sur la mangrove mahoraise. « Les résultats montrent, côté terrestre, un très net recul des arrière-mangroves, classées « en danger critique », et côté marin, une régression des mangroves externes, classées « vulnérables », indique ce bilan. Puis les mangroves externes de Mayotte, ou fronts pionniers de mangroves, sont évaluées « Vulnérables ». La vitesse d’érosion d’une partie de ces mangroves a augmenté depuis les années 2000 et certains fronts pionniers pourraient être condamnés à disparaître au cours des 50 prochaines années. Entre les deux, les «mangroves centrales ne sont pas actuellement considérées comme menacées mais l’impact de certaines pressions, comme les rejets d’eaux usées, mériterait d’être davantage suivi », ajoute l’UICN.

Les raisons de ce déclin sont nombreuses et sont le fruit de l’impact de l’homme sur cette biodiversité. « Les défrichements, les aménagements, l’urbanisation et les pollutions ont entraîné une réduction de la superficie des mangroves à Mayotte et modifié leur fonctionnement. ».
L’Union internationale pour la conservation de la nature précise même qu’ « un changement des pratiques d’occupation des sols est nécessaire pour ralentir voire stopper cette érosion, d’autant que les changements climatiques vont probablement accentuer la vulnérabilité de ces mangroves à l’avenir (hausse du niveau marin, intensification des vents et de la houle…). »