Selon une étude du Comité français de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), l’Office français de la biodiversité (OFB) et le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), près de 15 % des espèces endémiques de la Martinique sont menacées.

Au total, 15 espèces ont déjà disparu, 62 sont menacées et 56 autres sont quasi menacées. Il s’agit par exemple le Pleurodonte déprimé, le Murin de la Martinique, le Moqueur gorge-blanche ou la Couleuvre couresse.
Des espèces endémiques qui sont menacées par l’urbanisation, le comblement des mares ou des marais et l’artificialisation des berges. La pollution lumineuse est également mis en cause.

En mer, la pêche a des répercussions indirectes sur beaucoup d’espèces, tels le Cachalot classé « En danger » ou la Tortue imbriquée classée «Vulnérable», qui se retrouvent enchevêtrés dans les filets ou percutés par les navires. Les activités touristiques, quant à elles, génèrent une pression de dérangement pour les mammifères marins, les tortues marines et certains oiseaux tels que le Pluvier de Wilson et l’Huîtrier d’Amérique, classés «En dangercritique», en perturbant leurs sites de nidification.
Pour répondre à ces menaces, des programmes de conservation ont été lancés, des protections réglementaires ont été mises en place et des aires protégées sur terre et en mer ont été créées.« Face à l’ampleur des défis, il apparaît cependant essentiel de renforcer ces mesures pour enrayer le déclin des espèces menacées, préserver les milieux naturels et maintenir entre eux des corridors écologiques. Cela est d’autant plus important qu’avec un taux d’endémisme de 13 %, de nombreuses espèces animales sont uniques et contribuent à la richesse biologique particulière de la Martinique» précise l’étude.